Der Verwaltungsrat des Johanneswerks besteht aus mindestens 10 und höchstens 24 Personen, die ihre Position ehrenamtlich wahrnehmen. Der Verwaltungsrat wählt einen Vorsitzenden oder eine Vorsitzende sowie zwei stellvertretende Vorsitzende für die Dauer von fünf Jahren. Die Mitglieder des Vorstandes werden vom Verwaltungsrat für die Dauer von vier Jahren berufen.
Vorsitz des Verwaltungsrats
- Superintendent i.R. Hans Werner Schneider (Vorsitzender)
- Oberkirchenrätin Doris Damke (stellvertretende Vorsitzende)
- Jochem Bury (stellvertretender Vorsitzender)
Mitglieder des Verwaltungsrats
- Professor Dr. Matthias Benad
- Superintendent Christian Heine-Göttelmann
- Tobias Kersten
- Dr. Jürgen Löbbe
- Brigitte Meier
- Albrecht Nacke
- Pfarrer Wolfgang Riewe
- Superintendent i.R. Klaus-Peter Röber
- Pfarrer Hermann Rottmann
- Pfarrerin i.R. Rosemarie Schlemmer
- Professor Dr. Christian von der Heyden
- Dr. Helmut Weingärtner
- Ernst-August Latza (Vorsitzender des Sprecherausschusses)
- Georg Neumann (Vorsitzender der Gesamtmitarbeitervertretung)