Das Johanneswerk ist strukturell in elf Regionen eingeteilt, die jeweils von einem oder mehreren Regionalgeschäftsführern geleitet werden.
Insgesamt vier Regionen bestehen ausschließlich aus Einrichtungen der Altenhilfe: Die Regionen Herford-Lippe, Gütersloh, Ruhrgebiet-Süd und Ruhgebiet Nord-Münsterland. Die Region Bielefeld umfasst sechs Altenheime, das Familienzentrum Johannesstift und eine Einrichtung der Straffälligenhilfe.
Die Behindertenhilfe im Johanneswerk teilt sich in die Regionen Behindertenhilfe Arbeit mit zwei großen Werkstätten und Behindertenhilfe Wohnen mit mehreren Wohneinrichtungen.
Die Kliniken im Johanneswerk verteilen sich auf drei Regionen: Die Region Hellweg-Kliniken mit Einrichtungen in Oerlinghausen, Bielefeld und Lage sowie die Region Bad Honnef mit der Rhein-Klinik und einer zugehörigen Tagesklinik. In der Region Wittgenstein findet sich neben der Klinik Wittgenstein mit der Tagesklnik Netphen auch eine Alteneinrichtung.