Das Johanneswerk ist nicht nur einer der großen diakonischen Dienstleister Europas, sondern zugleich ein großes Unternehmen.
Das Johanneswerk bezeichnet und versteht sich selbst als „diakonisches Unternehmen“. Dahinter verbirgt sich, dass Diakonie, die den heutigen Ansprüchen gerecht wird, immer drei Seiten gleichwertig berücksichtigen muss:
Als ein „diakonisches Unternehmen“ muss das Johanneswerk ebenso wie andere Unternehmen auch Gewinne erwirtschaften. Anders als in der gewerblichen Wirtschaft werden diese Gewinne jedoch nicht aus dem Unternehmen herausgenommen und durch Investoren, Aktienbesitzer oder Privatpersonen abgeschöpft. Sie werden stattdessen vollständig im (als gemeinnützig anerkannten) Johanneswerk selbst belassen. Das Johanneswerk kann die Gewinne so neu in die helfende Arbeit investieren.